Главный бухгалтер организации полномочен представлять ее в отношениях с налоговыми органами:

в силу занимаемой должности
на основании норм законодательства о бухгалтерском учете и отчетности
на основании доверенности или соответствующей записи в учредительных документах

К сожалению, у нас пока нет статистики ответов на данный вопрос, но мы работаем над этим.