Признание нормативного правового акта, не соответствующим Налоговому кодексу, осуществляется:

указом Президента РФ.
путем отмены этого акта Правительством РФ;
в судебном порядке, если иное не предусмотрено в нормативном акте;
в судебном порядке, если иное не предусмотрено Налоговым кодексом РФ;

К сожалению, у нас пока нет статистики ответов на данный вопрос, но мы работаем над этим.