Организация предложила аудиторской фирме заключить договор на комплексную услугу: в начале восстановить бухгалтерский учет, составить отчетность, а затем произвести проверку и выдать аудиторское заключение.

Это удобно обеим сторонам.
Все зависит от желания руководства аудиторской фирмы
Так поступать запрещают Федеральные правила (стандарты) аудиторской деятельности

К сожалению, у нас пока нет статистики ответов на данный вопрос, но мы работаем над этим.