При наличии у организации нескольких расчетных счетов лимит остатка кассы устанавливается ...

каждым банком, в котором открыт счет
в одном из обслуживающих банков по усмотрению организации
каждым обслуживающим банком соответственно доле проводимых через него расчетов

К сожалению, у нас пока нет статистики ответов на данный вопрос, но мы работаем над этим.