Входящие, исходящие и внутренние документы регистрируются ...

в одном регистрационном журнале
в подразделении - составителе или получателе
в регистрационной контрольной карточке
в секретариате
отдельно

К сожалению, у нас пока нет статистики ответов на данный вопрос, но мы работаем над этим.