Может ли инспектор Счетной палаты РФ проверить деятельность Минфина РФ

Не может.
Может в любом случае.
Может только при наличии поручения Президента России.
Может при наличии согласия на проверку самого министра финансов РФ.

К сожалению, у нас пока нет статистики ответов на данный вопрос, но мы работаем над этим.