В случае отсутствия банка, выдавшего банковскую гарантию в Перечне банков, размещенных на официальном сайте Минфина России, налоговому органу в соответствии с пунктом 8 статьи 176.1 НК РФ необходимо:

вынести решение об отказе в возмещении суммы налога, заявленной к возмещению, в заявительном порядке
вынести решение о возмещении или об отказе в возмещении суммы налога, заявленной к возмещению в заявительном порядке по результатам камеральной проверки декларации

К сожалению, у нас пока нет статистики ответов на данный вопрос, но мы работаем над этим.