При написании заключения:

выводы не нумеруются;
допускаются оба варианта.
выводы могут нумероваться, если расположены в той последовательности, что и сами параграфы дипломной работы;

К сожалению, у нас пока нет статистики ответов на данный вопрос, но мы работаем над этим.