В налоговом учете первоначальной стоимостью основных средств, внесенных в счет вклада в уставный (складочный) капитал организации от физического лица, признается

рыночная стоимость объекта
остаточная стоимость по данным налогового учета передающей стороны
денежная оценка, согласованная учредителями (участниками) организации
документально подтвержденные расходы на их приобретение (создание) с учетом амортизации (износа)

К сожалению, у нас пока нет статистики ответов на данный вопрос, но мы работаем над этим.