Причиной появления множественных аллелей являются

геномные мутации
многократные генные мутации одного и того же локуса хромосомы
мутация полиплоидии
точковые мутации
хромосомные мутации

К сожалению, у нас пока нет статистики ответов на данный вопрос, но мы работаем над этим.