Если стоимость чистых активов ООО меньше величины его уставного капитала, то:

ООО подлежит ликвидации
ООО должно быть преобразовано в АО
ООО должно объявить об уменьшении размера уставного капитала и зарегистрировать уменьшение в установленном порядке

К сожалению, у нас пока нет статистики ответов на данный вопрос, но мы работаем над этим.