Если с указанием руководителя следственного органа о квалификации преступления и объема обвинения следователь не согласен, то:

он вправе не исполнять указание, обжаловав его руководителю вышестоящего следственного органа
он вправе передать дело другому следователю
он может обжаловать указание в суд
он обязан исполнить указание, а потом обжаловать его прокурору

Для просмотра статистики ответов нужно залогиниться.