На основе чего применяются налоговые вычеты налоговыми агентами:

приказа налоговых органов
распоряжения налогового агента
приказа руководителя организации
устного заявления налогоплательщика
письменного заявления налогоплательщика

К сожалению, у нас пока нет статистики ответов на данный вопрос, но мы работаем над этим.