Дела с конфиденциальными документами всегда формируются:

централизованно в службе КД
лично руководителем предприятия
авторами документов, подшитых в дела
руководителем структурного подразделения предприятия

К сожалению, у нас пока нет статистики ответов на данный вопрос, но мы работаем над этим.