В каком случае государственная пошлина не будет возвращена:

уменьшения исковых требований
внесения госпошлины в большем размере
возвращения арбитражным судом заявления
дело не подлежит рассмотрению в арбитражном суде

К сожалению, у нас пока нет статистики ответов на данный вопрос, но мы работаем над этим.