Недостатком функциональной структуры управления проектом является

стимулирует функциональную изолированность
способствует технологичности выполнения работ в проекте
увеличивает количество взаимодействий между участниками проекта
снижает беспокойство членов проектной командв по поводу карьеры по окончанию проекта.

К сожалению, у нас пока нет статистики ответов на данный вопрос, но мы работаем над этим.