На документах финансового характера печать проставляется на:

свободном месте
на подписи, визирующего документ
фамилии начальника таможенного органа
специально отведенном месте без захвата наименования должности и подписи.

К сожалению, у нас пока нет статистики ответов на данный вопрос, но мы работаем над этим.